LEGO Marvel Super Heroes je originalna zgodba, ki meša vse like iz celotnega Marvelovega sveta. Igralec prevzame nadzor nad Iron Manom, Hulkom, Captain Americo, Wolverinom in še nad mnogo več Marvelovih karakterjev, ki so se združili, da ustavijo Lokija in ostale zlikovce, preden le-ti sestavijo super orožje, ki je zmožno uničiti celoten svet. Igralci bodo lovili kozmične opeke, medtem ko bodo potovali skozi LEGO Manhattan in ostale ključne kraje iz Marvel Universe kot naprimer Starkov stolp, Asteroid M, Hydra baza in pa X-Mansion.